RNA干扰

服务介绍

针对各类RNA分子，例如mRNA/lncRNA的保守结构域及circRNA的接头序列进行靶向设计siRNA序列，对于每条选定的siRNA靶序列，设计正义链和反义链，以loop（9nt or 10nt）相连，构建shRNA质粒直接转染或通过病毒包装后转染细胞，并对转染细胞进行阳性鉴定和转代细胞株的培养，最终实现对特定RNA特异性敲低的作用。

技术优势

1. shRNA载体转染效率高、操作简单、RNA沉默效果易于检测；

2. 评估挑选特异靶向序列构建载体；

项目明细

1. 载体构建；

2. 瞬时转染；

3. 特异性引物设计合成；

4. RT-qPCR验证；

5. Sanger测序验证。

客户提供

1. 基因ID/物种/全长序列

2. 载体名称

我们提供

1. shRNA质粒；

2. 目的载体：10μg质粒+200μL甘油菌；

3. 对照载体：10μg质粒+200μL甘油菌；

4. 载体构建与验证实验报告：

①　载体构建步骤；

②　载体测序验证结果原始文件；

③　细胞转染实验步骤；

④　qPCR实验流程方案及产物测序；

⑤　载体构建与验证实验报告。

案例1：

参考文献：

Yang R, Chen H, Xing L, Wang B, Hu M, Ou X, Chen H, Deng Y, Liu D, Jiang R, Chen J. Hypoxia-induced circWSB1 promotes breast cancer progression through destabilizing p53 by interacting with USP10. Mol Cancer. 2022 Mar 29;21(1):88. doi: 10.1186/s12943-022-01567-z. PMID: 35351136; PMCID: PMC8961958.

参考文献：

Chen DL, Sheng H, Zhang DS, Jin Y, Zhao BT, Chen N, Song K, Xu RH. The circular RNA circDLG1 promotes gastric cancer progression and anti-PD-1 resistance through the regulation of CXCL12 by sponging miR-141-3p. Mol Cancer.2021 Dec 15;20(1):166. doi: 10.1186/s12943-021-01475-8. PMID: 34911533; PMCID:PMC8672580.

1. circRNA 的沉默（干扰）怎么做？

基于RNAi技术对基因进行沉默，实验中一般设计合成靶标基因的siRNA，瞬转细胞后进行RT-PCR检测。

外显子来源的circRNA因为和mRNA有同样的外显子序列，在序列内部设计siRNA靶标无法保证特异性，因此只能针对junction位点处设计靶标序列，前后移动范围有限，siRNA通常很难设计。EiciRNA或者内含子来源的环形RNA，除了针对junction位点处设计靶标外，也可以尝试在内含子序列上设计。

2. 设计siRNA为什么不能连续G\C超过3个，连续A\T超过4个？

因为连续 3个以上的 G 和 C 可以降低双链 RNA 的内在稳定性，从而抑制 RNAi 作用；连续 4个以上的 U 和 A 可能终止由 RNA Polymerase III 介导的转录。siRNA 序列中的重复序列或回文结构可能形成发夹状结构，这种结构的存在可以降低 siRNA 的有效浓度和沉默效率。