合成生物学
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  • miRNA-seq

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    RNA主要包括miRNA、siRNA、snoRNA和piRNA等,是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。由于小RNA测序技术的应用,越来越多的miRNA被发现和鉴定,并广泛应用于疾病诊断、个性化治疗和预后等领域。


    图片1.png

    RNA测序技术路线



    测序方案


    测序平台:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

    测序模式:PE150

    测序数据量:10 M raw reads




  • 生物信息分析


    基础分析

    原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

    比对结果质控检查

    RNA种类分析统计

    miRNA表达分析

    基于miRNA表达的样品主成分分析

    miRNA差异分析

    差异 miRNA 靶基因预测

    差异 miRNA 靶基因的GO功能分析

    差异 miRNA 靶基因的KEGG通路分析

    差异 miRNA 靶基因的Rectome通路分析

     

    高级分析(可结合mRNA测序结果)

    差异miRNA与差异表达基因调控分析

    差异miRNA与差异表达基因网络绘图

     

    部分结果示例

    1:外泌体中共表达和特异性表达的miRNAs维恩图


    2:火山图展示HFD-exos与NCD-exos的表达差异倍数


    3:miRNA靶基因网络图





  • Table1. miRNA-seq原始样本送样建议

    送样类型

    送样量

    备注

    细胞上清

    ≥30mL

    无支原体污染

    血清、血浆

    ≥4mL



    Table2. miRNA-seq RNA样本送样建议

    送样类型

    送样量

    完整性(RIN值)

    浓度

    其他

    纯度

    total RNA

    ≥1μg

    ≥7

    ≥100ng/μl


    无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

    血清血浆、细胞上清、外泌体RNA

    ≥40ng

    /

    /

    DV200>30%

    FFPE组织RNA

    ≥4μg

    ≥3

    /

    DV200>30%

    RIP RNA、pulldown RNA

    ≥200ng,如≤10ng,则采用微量建库

    /

    /



    *更具体的送样方法请详询销售或技术支持

    物种范围:人、小鼠、大鼠等物种,其余物种请详询销售或技术支持




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