Ribo-seq

服务介绍

广义的翻译组指直接参与翻译过程的所有元件，包括但不限于核糖体、正在翻译的mRNA、调控性RNA、新生肽链及各种翻译因子等；狭义的翻译组特指正在翻译的mRNA。Ribo-seq是指对被核糖体保护的30nt左右的mRNA片段进行深度测序分析，是目前研究翻译组学的主要技术手段之一。

核糖体印迹测序技术路线

测序方案

测序平台：Illumina Novaseq X Plus

测序模式：SE150
测序数据量：30 M raw reads

人类心脏翻译组学研究

The Translational Landscape of the Human Heart

Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010（IF：36.216）

测序策略：Ribo-seq & mRNA-seq

样本分组：80例心脏组织，65例心肌病，15例正常对照

本研究对65例扩张性心肌病（DCM）患者左心室心肌组织和15例正常对照者的左心室心肌组织进行mRNA测序（mRNA-seq）及核糖体印迹测序（ribo-seq），分析了DCM与健康对照组被翻译的RNA分子总体情况，结合之前一项心脏组织蛋白质组学的数据，系统分析了左心室心肌组织中被翻译的ORF和对应的蛋白或多肽的总体信息。共发现1090个uORF、 20763个传统的ORF以及74个dORF。还包括了来自于169个lncRNA 的339个sORF（图1）。此外，本文通过分析ribo-seq数据中被核糖体捕获的circRNA接口序列找到了40个可翻译的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的条件是不少于9nt的跨接口碱基，在不少于3个样本且总Reads数不少于5个的才算有效的可翻译circRNA（图2）。这40个circRNA来自39个基因，其中有6个circRNA的翻译产物在早期的蛋白质组学研究中有对应的质谱线索。40个circRNA中也不乏大家耳熟能详的明星分子，包括CDR1as等等。其中circCFLAR，circSLC8A1，circMYBPC3和circRYR2是首次发现的心肌中可被翻译的circRNA分子。

Figure1. 心脏翻译组学研究概览

Figure2. Ribo profiling分析可翻译的circRNA分子

生物信息分析

基础分析

原始数据质控检查

比对结果质控

reads 在基因组上的分布分析

基因覆盖度分析

翻译图谱刻画：P-site定义确认

翻译图谱刻画：ORFs统计与对应的氨基酸序列分析

高级分析

翻译组差异基因表达分析

翻译组差异基因GO功能分析

翻译组差异基因KEGG通路分析

翻译组差异基因Rectome通路分析

circRNA翻译事件识别分析

翻译组差异circRNA宿主基因GO功能分析

翻译组差异circRNA宿主基因KEGG通路分析

翻译组差异circRNA宿主基因Rectome通路分析

翻译组差异circRNA的靶向miRNA预测分析

翻译组差异circRNA及靶向miRNA网络调控制图

差异circRNA翻译潜能预测分析

个性化分析

TE翻译效率分析

差异TE基因表达分析

差异TE基因聚类分析

差异TE基因GO/KEGG富集分析

部分结果示例

图1. P-site 评估样图

图2. ORF类型数量统计图

图3. Riboseq差异表达基因的火山图

Table1. Ribo-seq原始样本送样建议

*翻译组测序的细胞样本处理方法和转录组测序不一样，具体处理、保存和运输方法请咨询技术支持。

物种范围：人、小鼠、大鼠，其他物种请详询销售或技术支持