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  • ChIP-seq

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    通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联释放结合蛋白的DNA片段,最后对目的DNA片断进行纯化与文库构建,通过高通量测序的方法获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

    56 ChIP测序.png

    染色质免疫共沉淀测序技术路线



    测序方案


    测序平台:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

    测序模式:PE150

    测序数据量:10 Gb raw data





  • 生物信息分析

    基础分析

    测序数据质量评估(碱基质量评估、序列质量评估)

    比对结果质控检查

    测序reads全基因组分布图

    结合峰peak鉴定

    结合峰基因元件分布可视化

    富集peak的motif分析

     

    高级分析(有不同处理条件分组样本)

    差异结合峰检测分析

    差异结合峰相关基因GO功能富集分析

    差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析

    差异结合峰相关基因Reactome通路分析

     

    部分结果示例

    图片1.png

    1. peak 在转录起始位点上下游 3kb 的平均覆盖度


    2. peak 在染色体上的分布图


    3. De novo motif 分析结果




  • Table1.ChIP-seq DNA样本送样建议

    送样类型

    送样量

    浓度

    纯度

    ChIP DNA/ChIRP DNA

    ≥20ng

    ≥0.2ng/μl

    无蛋白污染


    *更具体的送样方法请详询销售或技术支持


    物种范围:人、小鼠、大鼠,其他物种请详询销售或技术支持



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