RNA pull-down标签法

服务介绍

RNA pull-down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验手段之一。RNA pull-down标签法原理：将RNA标签（可产生特殊结构，与捕获蛋白结合）引入circRNA中，通过捕获蛋白结合circRNA上的标签 ，实现捕获蛋白/circRNA/RBPs/miRNA复合物产生；再通过捕获蛋白抗体下拉复合物，对捕获产物检测，鉴定出可能与circRNA相互作用的蛋白或者RNA。

pull-down标签法技术原理（以circRNA为例）

技术优势

1. 通过基因过表达载体引入外源标签，标签与捕获蛋白间的相互作用远远强于探针分子的捕获作用，特异性更高；

2. 标签的插入位置可灵活设计；

3. 不依赖于细胞内基因本底表达量，对细胞内表达丰度低的基因同样适用。

客户提供

1. 基因名称（ID）、长度、序列、物种；

2. 指定载体名称；

3. 实验目的；

4. 预测结合位点信息；

5. 细胞和细胞相关信息。

我们提供

1. 详细的circRNA pull-down完整实验报告（包含载体构建、诱导表达、pull-down富集等）；

2. 带标签过表达质粒、不带标签过表达质粒、对照质粒（赠送）等；

3. 额外赠送（以下情况任选一）：质谱检测2个样本；pulldown产物3个以内miRNA qPCR检测。

circRNA pull-down实验分组

案例1

参考文献：

Chen Z, Li Y, He K, Yang J, Deng Q, Chen Y, Fu Z. CircGPRC5A enhances colorectal cancer progress by stabilizing PPP1CA and inducing YAP dephosphorylation. J Exp Clin Cancer Res. 2023 Dec 6;42(1):334. doi: 10.1186/s13046-023-02915-7. PMID: 38057879; PMCID: PMC10698990.

案例2

参考文献：

Yuan Y, Zhang X, Du K, Zhu X, Chang S, Chen Y, Xu Y, Sun J, Luo X, Deng S, Qin Y, Feng X, Wei Y, Fan X, Liu Z, Zheng B, Ashktorab H, Smoot D, Li S, Xie X, Jin Z, Peng Y. Circ_CEA promotes the interaction between the p53 and cyclin-dependent kinases 1 as a scaffold to inhibit the apoptosis of gastric cancer. Cell Death Dis. 2022 Sep 27;13(9):827. doi: 10.1038/s41419-022-05254-1. PMID: 36167685; PMCID: PMC9515085.

通过pull-down实验将MS2-CP-MS2-circRNA复合物拉下来，WB检测MS2-CP蛋白，RT-qPCR检测目的circRNA的富集程度。

pull-down样品分组

WB检测结果

图1 pull-down 前后样本WB检测结果（Flag抗体）

（1~8组分别对应pull-down实验分组样品编号）

RT-qPCR验证pull-down富集效果

qPCR产物检测hsa_circ_00AAAAA富集倍数

图2 pull-down产物检测hsa_circ_00AAAAA富集倍数

（1~8组分别对应pull-down实验分组样品编号）