9个常用circRNA研究数据库，助力你的研究！

网址：http://www.circbase.org

特点与适用场景：提供circRNA ID、基因组定位及序列等基础信息，是领域内引用率最高的经典数据库。主要用于初步确认候选靶点是否已被既往文献报道。需注意其数据更新频率较低。

网址：http://www.circbank.cn/

特点与适用场景：涵盖人、小鼠等多种模式生物的综合性数据库。提供 circRNA 标准化命名体系、成熟 circRNA 序列、不同组织或发育阶段的表达谱、miRNA 结合位点以及蛋白翻译潜能预测等全方位信息。

网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/circatlas/

特点与适用场景：

• 数据规模与来源：3.0版本整合了超过300万条 circRNA数据，并补充了Nanopore长读长测序数据。

• 标准化命名：采用统一的标准化命名系统，解决了跨数据库间ID比对不一致的问题，提高了数据检索的效率。

• 多维度分析：支持特定组织及单细胞水平的表达谱查询，适用于筛选高丰度靶点以及开展跨物种的保守性研究。

  
  

网址：https://bits.fudan.edu.cn/circpediav3/

特点与适用场景：

• 数据覆盖与更新：v3版本扩展至20个物种，整合2000余个测序样本并注释约260万个circRNA（原中科院旧网址已停用）。

• 环/线表达定量对比：支持利用统一量化参数（FPB）对比circRNA与同源线性mRNA的表达差异，辅助高丰度差异靶点的筛选。

• 功能预测与实验设计：内置了引物设计、siRNA/sgRNA筛选、亚细胞定位、m6A修饰及翻译潜能预测等模块，可直接服务于后续的干扰验证及分子机制研究。

  
  

网址：https://circinteractome.nia.nih.gov

特点与适用场景：提供人源 circRNA 与 miRNA 及 RBP（RNA 结合蛋白）结合位点的在线预测。内置跨剪接位点（BSJ）的发散引物设计工具，可辅助 ceRNA 机制研究中的结合位点筛选及后续的 PCR 定量验证。

网址：https://starbase.sysu.edu.cn

特点与适用场景：基于CLIP-seq等多组学测序数据提供circRNA-miRNA互作及ceRNA网络分析。整合了多类肿瘤临床样本数据，支持泛癌水平的生存分析与相关性研究。

网址：https://cgga.org.cn/circRNADisease/

特点与适用场景：收录经文献报道和实验验证的 circRNA 与疾病关联信息。涵盖多种临床疾病靶点，适合在研究初期针对特定疾病进行已知靶点的查漏补缺。

网址：http://www.exorbase.org/

特点与适用场景：专注于人类血液等体液外泌体中的RNA表达图谱，整合了正常人与各类疾病患者的测序数据。适用于筛选和开发体液circRNA无创诊断标志物。

网址：http://geneyun.net/CSCD2

特点与适用场景：专注于肿瘤特异性circRNA，收录逾100万个癌症相关靶点。提供miRNA/RBP结合位点及开放阅读框（ORF）预测，可用于癌症机制研究中的靶点精确筛选与翻译潜能分析。

在实际操作中，您最常用的 circRNA 数据库是哪一个？或者有哪些‘冷门好用’的工具推荐？欢迎在留言区分享，我们一起探讨。