m⁶A都进入空间时代了，一篇完整的m⁶A机制研究如何建立证据链？

2026年，Nature Methods 发表了题为 “Spatially resolved m⁶A profiling using m⁶A-ARTR-DBiT” 的研究。研究团队开发了 m⁶A-ARTR-DBiT，能够在组织切片中保留空间信息，同时检测RNA上的m⁶A信号，并在小鼠胚胎和成年小鼠脑组织中进行了验证，观察到不同组织区域之间存在差异性的m⁶A分布^[1]。

空间信息让研究者能够直接比较不同组织区域中的m⁶A修饰差异，并进一步分析这些差异与组织位置之间的关系。

不过，对于大多数机制研究来说，发现m⁶A差异往往只是第一步。后续还需要继续追踪相关的Writer、Eraser或Reader，并结合RNA稳定性、翻译等实验，进一步解释这种修饰变化是如何发生、又会带来什么功能影响。

对于还没有明确靶标的m⁶A课题，前期往往需要先从组学中找线索。

MeRIP-seq联合RNA-seq是比较常见的组合，一边看m⁶A修饰有没有变化，一边看RNA表达是否同步改变，从中筛出值得继续关注的候选靶标。

不过，组学更多解决的是“找谁”的问题。真正进入机制研究后，还需要对候选RNA进行定向验证。MeRIP-qPCR通常用来确认目标RNA上的m⁶A富集是否确实发生变化，也常被用于比较Writer或Eraser干预前后的m⁶A富集变化。

如果修饰变化能够被验证下来，后续还可以进一步追踪Reader以及RNA稳定性、翻译等功能层面。

2025年，Nature Communications发表题为 “Targeting of the m⁶A eraser ALKBH5 suppresses stemness and chemoresistance of colorectal cancer” 的研究，重点分析了m⁶A去甲基化酶 ALKBH5 在结直肠癌中的作用及其下游机制^[2]。

研究团队先通过 RNA-seq、MeRIP-seq和Ribo-seq联合分析锁定FAM84A mRNA。MeRIP-qPCR结果显示，敲低ALKBH5后，FAM84A mRNA上的m⁶A富集升高；而过表达野生型ALKBH5后，m⁶A富集下降。相比之下，催化活性缺失的ALKBH5突变体并没有表现出同样的作用。

这些结果说明，FAM84A是ALKBH5参与m⁶A调控的候选靶标之一。

除了修饰水平的变化，RIP-qPCR还检测到了ALKBH5与FAM84A mRNA之间的结合，进一步支持ALKBH5参与FAM84A的m⁶A调控。

接下来，研究团队又把目光放到了m⁶A Reader IGF2BP1 上。

RIP-qPCR结果显示，IGF2BP1可以结合FAM84A mRNA；敲低IGF2BP1后，FAM84A mRNA稳定性下降，说明IGF2BP1参与维持FAM84A mRNA的稳定性。

进一步来看，ALKBH5去除FAM84A上的m⁶A修饰后，会减弱IGF2BP1对FAM84A的结合，最终使FAM84A mRNA稳定性和表达下降。

综合上述结果，ALKBH5通过调控FAM84A的m⁶A修饰，改变其与IGF2BP1的互作，进而影响FAM84A mRNA的稳定性和表达，并参与结直肠癌干细胞相关表型。

m⁶A课题的起点并不完全相同。

如果还没有候选RNA，可以通过 MeRIP-seq联合RNA-seq 从全转录组范围寻找候选靶标；已有明确候选RNA后，可通过 MeRIP-qPCR 进行定向验证。

进入RNA-蛋白互作研究后，则可以根据课题起点选择 RIP-qPCR、RIP-seq或RNA pull-down 等实验：已有明确候选关系时进行定向验证，靶RNA或结合蛋白未知时则进一步筛选。

从候选筛选到机制验证，m⁶A研究中常见的实验思路可概括如下：

实际研究中，这些技术并不是固定流程，具体选择还要结合已有结果和需要验证的问题。

围绕m⁶A修饰及RNA调控机制研究，吉赛生物可提供 MeRIP-seq、MeRIP-qPCR、RNA-seq、RIP-qPCR、RIP-seq、RNA pull-down 等技术服务，覆盖从候选靶标筛选、修饰验证到RNA-蛋白互作分析的多个研究阶段。

随着m⁶A研究不断向更高分辨率和空间层面拓展，检测维度不断增加，但对机制研究来说，最后还是要回答几个具体问题：修饰怎么变、谁在调控、谁在识别，以及这种变化最终带来了什么影响。

[1] Xiao Y, Bai Z, Zou Z, et al. Spatially resolved m⁶A profiling using m⁶A-ARTR-DBiT. Nature Methods. 2026;23:1318–1326. doi:10.1038/s41592-026-03123-9.

[2] Zhou H, Chen H, Liu W, et al. Targeting of the m⁶A eraser ALKBH5 suppresses stemness and chemoresistance of colorectal cancer. Nature Communications. 2026;17:803. doi:10.1038/s41467-025-67502-0.