分子互作数据库/预测工具+验证神器，高效锁定候选靶标，告别徒手大海捞针！

吉赛核心优势：省时 | 省样 | 便捷 | 可靠

官网：http://jaspar.genereg.net/

物种类型：脊椎动物、昆虫、线虫、真菌、植物和尾索动物

核心功能：

• 检索转录因子的详情（TF结合位点、ChIP-seq的验证结果等）；

• 预测已知转录因子与已知启动子序列的结合（结合互作得分、DNA链、结合位点等）。

  

  
  

物种类型：人类、小鼠

官网：http://www.grnpedia.org/trrust/

核心功能：

• 分析已知TF的靶基因及调控模式（激活、抑制），已知TF的TF及调控模式，已知TF调控共同靶基因的TF、已知TF相关疾病和通路（KEGG、GO）；

• 分析已知基因的TF及调控模式；

• 分析一组功能/通路/表型相关基因的关键调控因子。

  

  
  

官网：https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/

物种类型：包括灵长类、啮齿、劳亚兽类、鱼类、鸟类、爬行类、非洲兽类、两栖类等的183个动物物种。

核心功能：

• 分析已知TF的详细信息及其协同调控因子，可根据疾病类型或表达部位进行检索；

• 根据蛋白序列，识别TF；

• 预测已知DNA序列（如启动子）的TF及结合位点。

  
  

官网：https://guolab.wchscu.cn/hTFtarget/#!/

物种类型：人类

核心功能：

• 分析已知TF的靶基因；

• 分析已知TF在选定细胞系中的协同调控因子;

• 检索已知TF的ChIP-Seq结果详情（ChIP-Seq峰）；

• 分析已知基因的TF及协同调控因子；

• 预测已知DNA序列与特定TF的结合位点。

  

官网：http://www.gaemons.net/LongTarget

物种类型：人类、小鼠、黑猩猩、牛、狗、狨猴、负鼠、兔、大鼠、猕猴、鼠狐猴、鸭嘴兽

核心功能：预测lncRNA与DNA的结合位点。

官网：https://rnasysu.com/encori/

物种：共23个物种

核心功能：

• miRNA-Target：分析已知miRNA结合的靶RNA（mRNA、lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因）、结合位点、CLIP-seq详细结果、保守性、与癌症的关联等。

• RNA-RNA：分析已知RNA（mRNA、lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因）结合的靶RNA、互作位点和得分、测序结果等。

• ceRNA-Network：分析特定基因的ceRNA网络。

• Degradome-RNA：分析miRNA介导的mRNA降解。

• RBP-Target/Motif/Disease：分析RBP结合的靶RNA（mRNA、caRNA、lncRNA、假基因、sncRNA、circRNA）、结合基序、与疾病的关系；

• Pathway：检索特定miRNA、RBP、RNA和ceRNA基因在KEGG的通路富集分析；

• Pan-cancer：分析TCGA中32种癌症类型基因表达的泛癌网络，包括miRNA差异表达、miRNA生存分析、miRNA靶基因共表达、基因差异表达、基因生存分析、RNA-RNA共表达分析等。

  

  

  
  

  
  

官网：http://www.targetscan.org/vert_72/

物种类型：人类、小鼠、果蝇、线虫、斑马鱼

核心功能：

• 预测已知miRNA的靶基因，结果显示结合位点、得分、图谱等；

• 预测已知基因的结合miRNA、结合位点、得分、图谱等；

• 分析已知miRNA和已知靶基因的结合情况。

  

  
  

官网：https://mirdb.org/index.html

物种类型：人、小鼠、大鼠、狗和鸡

核心功能：

• 预测已知miRNA（名称或序列）的靶基因及结合位点；

• 预测已知靶基因（名称或序列）的结合miRNA详细信息及结合位点。

  
  

  
  

官网：http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

物种类型：Caenorhabditis elegans、 Danio rerio、Drosophila melanogaster、Homo sapiens、Mus musculus、Rattus norvegicus、Saccharomyces cerevisiae、Xenopus tropicalis

核心功能：

• 预测已知的多个蛋白与模式生物预编译转录组之间的互作；

• 预测已知的多个转录本与模式生物预编译RBP之间的互作；

• 预测已知的蛋白和已知的转录本之间的互作；

• 预测已知化学修饰RNA序列的互作蛋白。

  

官网：http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/

物种类型：人、小鼠、蝇和蠕虫

核心功能：

• 预测RNA序列的潜在RBP，结果显示得分、结合位点和序列等；

• 检索RBP详情，包括RNA结合域、实验数据、结合RNA基序等。

  
  

官网：https://string-db.org/

物种类型：12535种生物体

核心功能：

• 分析已知蛋白名称或序列的蛋白质相互作用（PPI）网络；

• 分析已知的多个蛋白之间的互作；

• 蛋白组功能富集分析；

• 检索蛋白家族中的所有蛋白，或检索已知蛋白（名称或序列）所在家族；

• 检索特定通路/生命过程/疾病相关的蛋白。

  
  

官网：

http://iid.ophid.utoronto.ca/SearchPPIs/protein/

物种类型：18个物种（包括人类、5个模式生物和 12个驯化物种）

核心功能：分析已知蛋白相互作用网络，可分析指定发育阶段、疾病、亚细胞定位、组织和细胞类型等条件和指定可成药性、方向性、保守性等特点的蛋白相互作用。

官网：https://thebiogrid.org/

物种类型：人类和多种模式生物

核心功能：

• 分析蛋白相互作用网络，显示互作实验数据；

• 分析蛋白互作的化学小分子

• 分析蛋白翻译后修饰。

  

严谨可靠的分子互作技术，配合高效便捷的在线预测工具，可助您的互作研究事半功倍，加速成果产出！